Anatomy and Neuroscience - Research Publications

Permanent URI for this collection

Search Results

Now showing 1 - 3 of 3
  • Item
    Thumbnail Image
    Pan-cancer analysis of whole genomes
    Campbell, PJ ; Getz, G ; Korbel, JO ; Stuart, JM ; Jennings, JL ; Stein, LD ; Perry, MD ; Nahal-Bose, HK ; Ouellette, BFF ; Li, CH ; Rheinbay, E ; Nielsen, GP ; Sgroi, DC ; Wu, C-L ; Faquin, WC ; Deshpande, V ; Boutros, PC ; Lazar, AJ ; Hoadley, KA ; Louis, DN ; Dursi, LJ ; Yung, CK ; Bailey, MH ; Saksena, G ; Raine, KM ; Buchhalter, I ; Kleinheinz, K ; Schlesner, M ; Zhang, J ; Wang, W ; Wheeler, DA ; Ding, L ; Simpson, JT ; O'Connor, BD ; Yakneen, S ; Ellrott, K ; Miyoshi, N ; Butler, AP ; Royo, R ; Shorser, S ; Vazquez, M ; Rausch, T ; Tiao, G ; Waszak, SM ; Rodriguez-Martin, B ; Shringarpure, S ; Wu, D-Y ; Demidov, GM ; Delaneau, O ; Hayashi, S ; Imoto, S ; Habermann, N ; Segre, A ; Garrison, E ; Cafferkey, A ; Alvarez, EG ; Maria Heredia-Genestar, J ; Muyas, F ; Drechsel, O ; Bruzos, AL ; Temes, J ; Zamora, J ; Baez-Ortega, A ; Kim, H-L ; Mashl, RJ ; Ye, K ; DiBiase, A ; Huang, K-L ; Letunic, I ; McLellan, MD ; Newhouse, SJ ; Shmaya, T ; Kumar, S ; Wedge, DC ; Wright, MH ; Yellapantula, VD ; Gerstein, M ; Khurana, E ; Marques-Bonet, T ; Navarro, A ; Bustamante, CD ; Siebert, R ; Nakagawa, H ; Easton, DF ; Ossowski, S ; Tubio, JMC ; De La Vega, FM ; Estivill, X ; Yuen, D ; Mihaiescu, GL ; Omberg, L ; Ferretti, V ; Sabarinathan, R ; Pich, O ; Gonzalez-Perez, A ; Weiner, AT ; Fittall, MW ; Demeulemeester, J ; Tarabichi, M ; Roberts, ND ; Van Loo, P ; Cortes-Ciriano, I ; Urban, L ; Park, P ; Bin, Z ; Pitkaenen, E ; Li, Y ; Saini, N ; Klimczak, LJ ; Weischenfeldt, J ; Sidiropoulos, N ; Alexandrov, LB ; Rabionet, R ; Escaramis, G ; Bosio, M ; Holik, AZ ; Susak, H ; Prasad, A ; Erkek, S ; Calabrese, C ; Raeder, B ; Harrington, E ; Mayes, S ; Turner, D ; Juul, S ; Roberts, SA ; Song, L ; Koster, R ; Mirabello, L ; Hua, X ; Tanskanen, TJ ; Tojo, M ; Chen, J ; Aaltonen, LA ; Ratsch, G ; Schwarz, RF ; Butte, AJ ; Brazma, A ; Chanock, SJ ; Chatterjee, N ; Stegle, O ; Harismendy, O ; Bova, GS ; Gordenin, DA ; Haan, D ; Sieverling, L ; Feuerbach, L ; Chalmers, D ; Joly, Y ; Knoppers, B ; Molnar-Gabor, F ; Phillips, M ; Thorogood, A ; Townend, D ; Goldman, M ; Fonseca, NA ; Xiang, Q ; Craft, B ; Pineiro-Yanez, E ; Munoz, A ; Petryszak, R ; Fullgrabe, A ; Al-Shahrour, F ; Keays, M ; Haussler, D ; Weinstein, J ; Huber, W ; Valencia, A ; Papatheodorou, I ; Zhu, J ; Fan, Y ; Torrents, D ; Bieg, M ; Chen, K ; Chong, Z ; Cibulskis, K ; Eils, R ; Fulton, RS ; Gelpi, JL ; Gonzalez, S ; Gut, IG ; Hach, F ; Heinold, M ; Hu, T ; Huang, V ; Hutter, B ; Jaeger, N ; Jung, J ; Kumar, Y ; Lalansingh, C ; Leshchiner, I ; Livitz, D ; Ma, EZ ; Maruvka, YE ; Milovanovic, A ; Nielsen, MM ; Paramasivam, N ; Pedersen, JS ; Puiggros, M ; Sahinalp, SC ; Sarrafi, I ; Stewart, C ; Stobbe, MD ; Wala, JA ; Wang, J ; Wendl, M ; Werner, J ; Wu, Z ; Xue, H ; Yamaguchi, TN ; Yellapantula, V ; Davis-Dusenbery, BN ; Grossman, RL ; Kim, Y ; Heinold, MC ; Hinton, J ; Jones, DR ; Menzies, A ; Stebbings, L ; Hess, JM ; Rosenberg, M ; Dunford, AJ ; Gupta, M ; Imielinski, M ; Meyerson, M ; Beroukhim, R ; Reimand, J ; Dhingra, P ; Favero, F ; Dentro, S ; Wintersinger, J ; Rudneva, V ; Park, JW ; Hong, EP ; Heo, SG ; Kahles, A ; Kjong-Van, L ; Soulette, CM ; Shiraishi, Y ; Liu, F ; He, Y ; Demircioglu, D ; Davidson, NR ; Greger, L ; Li, S ; Liu, D ; Stark, SG ; Zhang, F ; Amin, SB ; Bailey, P ; Chateigner, A ; Frenkel-Morgenstern, M ; Hou, Y ; Huska, MR ; Kilpinen, H ; Lamaze, FC ; Li, C ; Li, X ; Li, X ; Liu, X ; Marin, MG ; Markowski, J ; Nandi, T ; Ojesina, A ; Pan-Hammarstrom, Q ; Park, PJ ; Pedamallu, CS ; Su, H ; Tan, P ; Teh, BT ; Wang, J ; Xiong, H ; Ye, C ; Yung, C ; Zhang, X ; Zheng, L ; Zhu, S ; Awadalla, P ; Creighton, CJ ; Wu, K ; Yang, H ; Goke, J ; Zhang, Z ; Brooks, AN ; Martincorena, I ; Rubio-Perez, C ; Juul, M ; Schumacher, S ; Shapira, O ; Tamborero, D ; Mularoni, L ; Hornshoj, H ; Deu-Pons, J ; Muinos, F ; Bertl, J ; Guo, Q ; Bazant, W ; Barrera, E ; Al-Sedairy, ST ; Aretz, A ; Bell, C ; Betancourt, M ; Buchholz, C ; Calvo, F ; Chomienne, C ; Dunn, M ; Edmonds, S ; Green, E ; Gupta, S ; Hutter, CM ; Jegalian, K ; Jones, N ; Lu, Y ; Nakagama, H ; Nettekoven, G ; Planko, L ; Scott, D ; Shibata, T ; Shimizu, K ; Stratton, MR ; Yugawa, T ; Tortora, G ; VijayRaghavan, K ; Zenklusen, JC ; Knoppers, BM ; Aminou, B ; Bartolome, J ; Boroevich, KA ; Boyce, R ; Buchanan, A ; Byrne, NJ ; Chen, Z ; Cho, S ; Choi, W ; Clapham, P ; Dow, MT ; Dursi, LJ ; Eils, J ; Farcas, C ; Fayzullaev, N ; Flicek, P ; Heath, AP ; Hofmann, O ; Hong, JH ; Hudson, TJ ; Huebschmann, D ; Ivkovic, S ; Jeon, S-H ; Jiao, W ; Kabbe, R ; Kerssemakers, JNA ; Kim, H ; Kim, J ; Koscher, M ; Koures, A ; Kovacevic, M ; Lawerenz, C ; Liu, J ; Mijalkovic, S ; Mijalkovic-Lazic, AM ; Miyano, S ; Nastic, M ; Nicholson, J ; Ocana, D ; Ohi, K ; Ohno-Machado, L ; Pihl, TD ; Prinz, M ; Radovic, P ; Short, C ; Sofia, HJ ; Spring, J ; Struck, AJ ; Tijanic, N ; Vicente, D ; Wang, Z ; Williams, A ; Woo, Y ; Wright, AJ ; Yang, L ; Hamilton, MP ; Johnson, TA ; Kahraman, A ; Kellis, M ; Polak, P ; Sallari, R ; Sinnott-Armstrong, N ; von Mering, C ; Beltran, S ; Gerhard, DS ; Gut, M ; Trotta, J-R ; Whalley, JP ; Niu, B ; Espiritu, SMG ; Gao, S ; Huang, Y ; Lalansingh, CM ; Teague, JW ; Wendl, MC ; Abascal, F ; Bader, GD ; Bandopadhayay, P ; Barenboim, J ; Brunak, S ; Fita, JC ; Chakravarty, D ; Chan, CWY ; Choi, JK ; Diamanti, K ; Fink, JL ; Frigola, J ; Gambacorti-Passerini, C ; Garsed, DW ; Haradhvala, NJ ; Harmanci, AO ; Helmy, M ; Herrmann, C ; Hobolth, A ; Hodzic, E ; Hong, C ; Isaev, K ; Izarzugaza, JMG ; Johnson, R ; Juul, RI ; Kim, J ; Kim, JK ; Komorowski, J ; Lanzos, A ; Larsson, E ; Lee, D ; Li, S ; Li, X ; Lin, Z ; Liu, EM ; Lochovsky, L ; Lou, S ; Madsen, T ; Marchal, K ; Fundichely, AM ; McGillivray, PD ; Meyerson, W ; Paczkowska, M ; Park, K ; Park, K ; Pons, T ; Pulido-Tamayo, S ; Reyes Salazar, I ; Reyna, MA ; Rubin, MA ; Salichos, L ; Sander, C ; Schumacher, SE ; Shackleton, M ; Shen, C ; Shrestha, R ; Shuai, S ; Tsunoda, T ; Umer, HM ; Uuskula-Reimand, L ; Verbeke, LPC ; Wadelius, C ; Wadi, L ; Warrell, J ; Wu, G ; Yu, J ; Zhang, J ; Zhang, X ; Zhang, Y ; Zhao, Z ; Zou, L ; Lawrence, MS ; Raphael, BJ ; Bailey, PJ ; Craft, D ; Goldman, MJ ; Aburatani, H ; Binder, H ; Dinh, HQ ; Heath, SC ; Hoffmann, S ; Imbusch, CD ; Kretzmer, H ; Laird, PW ; Martin-Subero, J ; Nagae, G ; Shen, H ; Wang, Q ; Weichenhan, D ; Zhou, W ; Berman, BP ; Brors, B ; Plass, C ; Akdemir, KC ; Bowtell, DDL ; Burns, KH ; Busanovich, J ; Chan, K ; Dueso-Barroso, A ; Edwards, PA ; Etemadmoghadam, D ; Haber, JE ; Jones, DTW ; Ju, YS ; Kazanov, MD ; Koh, Y ; Kumar, K ; Lee, EA ; Lee, JJ-K ; Lynch, AG ; Macintyre, G ; Markowetz, F ; Navarro, FCP ; Pearson, J ; Rippe, K ; Scully, R ; Villasante, I ; Waddell, N ; Yang, L ; Yao, X ; Yoon, S-S ; Zhang, C-Z ; Bergstrom, EN ; Boot, A ; Covington, K ; Fujimoto, A ; Huang, MN ; Islam, SMA ; McPherson, JR ; Morganella, S ; Mustonen, V ; Ng, AWT ; Prokopec, SD ; Vazquez-Garcia, I ; Wu, Y ; Yousif, F ; Yu, W ; Rozen, SG ; Rudneva, VA ; Shringarpure, SS ; Turner, DJ ; Xia, T ; Atwal, G ; Chang, DK ; Cooke, SL ; Faltas, BM ; Haider, S ; Kaiser, VB ; Karlic, R ; Kato, M ; Kubler, K ; Margolin, A ; Martin, S ; Nik-Zainal, S ; P'ng, C ; Semple, CA ; Smith, J ; Sun, RX ; Thai, K ; Wright, DW ; Yuan, K ; Biankin, A ; Garraway, L ; Grimmond, SM ; Adams, DJ ; Anur, P ; Cao, S ; Christie, EL ; Cmero, M ; Cun, Y ; Dawson, KJ ; Dentro, SC ; Deshwar, AG ; Donmez, N ; Drews, RM ; Gerstung, M ; Ha, G ; Haase, K ; Jerman, L ; Ji, Y ; Jolly, C ; Lee, J ; Lee-Six, H ; Malikic, S ; Mitchell, TJ ; Morris, QD ; Oesper, L ; Peifer, M ; Peto, M ; Rosebrock, D ; Rubanova, Y ; Salcedo, A ; Sengupta, S ; Shi, R ; Shin, SJ ; Spiro, O ; Vembu, S ; Wintersinger, JA ; Yang, T-P ; Yu, K ; Zhu, H ; Spellman, PT ; Weinstein, JN ; Chen, Y ; Fujita, M ; Han, L ; Hasegawa, T ; Komura, M ; Li, J ; Mizuno, S ; Shimizu, E ; Wang, Y ; Xu, Y ; Yamaguchi, R ; Yang, F ; Yang, Y ; Yoon, CJ ; Yuan, Y ; Liang, H ; Alawi, M ; Borozan, I ; Brewer, DS ; Cooper, CS ; Desai, N ; Grundhoff, A ; Iskar, M ; Su, X ; Zapatka, M ; Lichter, P ; Alsop, K ; Bruxner, TJC ; Christ, AN ; Cordner, SM ; Cowin, PA ; Drapkin, R ; Fereday, S ; George, J ; Hamilton, A ; Holmes, O ; Hung, JA ; Kassahn, KS ; Kazakoff, SH ; Kennedy, CJ ; Leonard, CR ; Mileshkin, L ; Miller, DK ; Arnau, GM ; Mitchell, C ; Newell, F ; Nones, K ; Patch, A-M ; Quinn, MC ; Taylor, DF ; Thorne, H ; Traficante, N ; Vedururu, R ; Waddell, NM ; Waring, PM ; Wood, S ; Xu, Q ; DeFazio, A ; Anderson, MJ ; Antonello, D ; Barbour, AP ; Bassi, C ; Bersani, S ; Cataldo, I ; Chantrill, LA ; Chiew, Y-E ; Chou, A ; Cingarlini, S ; Cloonan, N ; Corbo, V ; Davi, MV ; Duthie, FR ; Gill, AJ ; Graham, JS ; Harliwong, I ; Jamieson, NB ; Johns, AL ; Kench, JG ; Landoni, L ; Lawlor, RT ; Mafficini, A ; Merrett, ND ; Miotto, M ; Musgrove, EA ; Nagrial, AM ; Oien, KA ; Pajic, M ; Pinese, M ; Robertson, AJ ; Rooman, I ; Rusev, BC ; Samra, JS ; Scardoni, M ; Scarlett, CJ ; Scarpa, A ; Sereni, E ; Sikora, KO ; Simbolo, M ; Taschuk, ML ; Toon, CW ; Vicentini, C ; Wu, J ; Zeps, N ; Behren, A ; Burke, H ; Cebon, J ; Dagg, RA ; De Paoli-Iseppi, R ; Dutton-Regester, K ; Field, MA ; Fitzgerald, A ; Hersey, P ; Jakrot, V ; Johansson, PA ; Kakavand, H ; Kefford, RF ; Lau, LMS ; Long, G ; Pickett, HA ; Pritchard, AL ; Pupo, GM ; Saw, RPM ; Schramm, S-J ; Shang, CA ; Shang, P ; Spillane, AJ ; Stretch, JR ; Tembe, V ; Thompson, JF ; Vilain, RE ; Wilmott, JS ; Yang, JY ; Hayward, NK ; Mann, GJ ; Scolyer, RA ; Bartlett, J ; Bavi, P ; Chadwick, DE ; Chan-Seng-Yue, M ; Cleary, S ; Connor, AA ; Czajka, K ; Denroche, RE ; Dhani, NC ; Eagles, J ; Gallinger, S ; Grant, RC ; Hedley, D ; Hollingsworth, MA ; Jang, GH ; Johns, J ; Kalimuthu, S ; Liang, S-B ; Lungu, I ; Luo, X ; Mbabaali, F ; McPherson, TA ; Miller, JK ; Moore, MJ ; Notta, F ; Pasternack, D ; Petersen, GM ; Roehrl, MHA ; Sam, M ; Selander, I ; Serra, S ; Shahabi, S ; Thayer, SP ; Timms, LE ; Wilson, GW ; Wilson, JM ; Wouters, BG ; McPherson, JD ; Beck, TA ; Bhandari, V ; Collins, CC ; Fleshner, NE ; Fox, NS ; Fraser, M ; Heisler, LE ; Lalonde, E ; Livingstone, J ; Meng, A ; Sabelnykova, VY ; Shiah, Y-J ; Van Der Kwast, T ; Bristow, RG ; Ding, S ; Fan, D ; Li, L ; Nie, Y ; Xiao, X ; Xing, R ; Yang, S ; Yu, Y ; Zhou, Y ; Banks, RE ; Bourque, G ; Brennan, P ; Letourneau, L ; Riazalhosseini, Y ; Scelo, G ; Vasudev, N ; Viksna, J ; Lathrop, M ; Tost, J ; Ahn, S-M ; Aparicio, S ; Arnould, L ; Aure, MR ; Bhosle, SG ; Birney, E ; Borg, A ; Boyault, S ; Brinkman, AB ; Brock, JE ; Broeks, A ; Borresen-Dale, A-L ; Caldas, C ; Chin, S-F ; Davies, H ; Desmedt, C ; Dirix, L ; Dronov, S ; Ehinger, A ; Eyfjord, JE ; Fatima, A ; Foekens, JA ; Futreal, PA ; Garred, O ; Giri, DD ; Glodzik, D ; Grabau, D ; Hilmarsdottir, H ; Hooijer, GK ; Jacquemier, J ; Jang, SJ ; Jonasson, JG ; Jonkers, J ; Kim, H-Y ; King, TA ; Knappskog, S ; Kong, G ; Krishnamurthy, S ; Lakhani, SR ; Langerod, A ; Larsimont, D ; Lee, HJ ; Lee, J-Y ; Lee, MTM ; Lingjaerde, OC ; MacGrogan, G ; Martens, JWM ; O'Meara, S ; Pauporte, I ; Pinder, S ; Pivot, X ; Provenzano, E ; Purdie, CA ; Ramakrishna, M ; Ramakrishnan, K ; Reis-Filho, J ; Richardson, AL ; Ringner, M ; Rodriguez, JB ; Rodriguez-Gonzalez, FG ; Romieu, G ; Salgado, R ; Sauer, T ; Shepherd, R ; Sieuwerts, AM ; Simpson, PT ; Smid, M ; Sotiriou, C ; Span, PN ; Stefansson, OA ; Stenhouse, A ; Stunnenberg, HG ; Sweep, F ; Tan, BKT ; Thomas, G ; Thompson, AM ; Tommasi, S ; Treilleux, I ; Tutt, A ; Ueno, NT ; Van Laere, S ; Van den Eynden, GG ; Vermeulen, P ; Viari, A ; Vincent-Salomon, A ; Wong, BH ; Yates, L ; Zou, X ; van Deurzen, CHM ; van de Vijver, MJ ; van't Veer, L ; Ammerpohl, O ; Aukema, S ; Bergmann, AK ; Bernhart, SH ; Borkhardt, A ; Borst, C ; Burkhardt, B ; Claviez, A ; Goebler, ME ; Haake, A ; Haas, S ; Hansmann, M ; Hoell, J ; Hummel, M ; Karsch, D ; Klapper, W ; Kneba, M ; Kreuz, M ; Kube, D ; Kueppers, R ; Lenze, D ; Loeffler, M ; Lopez, C ; Mantovani-Loeffler, L ; Moeller, P ; Ott, G ; Radlwimmer, B ; Richter, J ; Rohde, M ; Rosenstiel, PC ; Rosenwald, A ; Schilhabel, MB ; Schreiber, S ; Stadler, PF ; Staib, P ; Stilgenbauer, S ; Sungalee, S ; Szczepanowski, M ; Toprak, UH ; Truemper, LHP ; Wagener, R ; Zenz, T ; Hovestadt, V ; von Kalle, C ; Kool, M ; Korshunov, A ; Landgraf, P ; Lehrach, H ; Northcott, PA ; Pfister, SM ; Reifenberger, G ; Warnatz, H-J ; Wolf, S ; Yaspo, M-L ; Assenov, Y ; Gerhauser, C ; Minner, S ; Schlomm, T ; Simon, R ; Sauter, G ; Sueltmann, H ; Biswas, NK ; Maitra, A ; Majumder, PP ; Sarin, R ; Barbi, S ; Bonizzato, G ; Cantu, C ; Dei Tos, AP ; Fassan, M ; Grimaldi, S ; Luchini, C ; Malleo, G ; Marchegiani, G ; Milella, M ; Paiella, S ; Pea, A ; Pederzoli, P ; Ruzzenente, A ; Salvia, R ; Sperandio, N ; Arai, Y ; Hama, N ; Hiraoka, N ; Hosoda, F ; Nakamura, H ; Ojima, H ; Okusaka, T ; Totoki, Y ; Urushidate, T ; Fukayama, M ; Ishikawa, S ; Katai, H ; Katoh, H ; Komura, D ; Rokutan, H ; Saito-Adachi, M ; Suzuki, A ; Taniguchi, H ; Tatsuno, K ; Ushiku, T ; Yachida, S ; Yamamoto, S ; Aikata, H ; Arihiro, K ; Ariizumi, S-I ; Chayama, K ; Furuta, M ; Gotoh, K ; Hayami, S ; Hirano, S ; Kawakami, Y ; Maejima, K ; Nakamura, T ; Nakano, K ; Ohdan, H ; Sasaki-Oku, A ; Tanaka, H ; Ueno, M ; Yamamoto, M ; Yamaue, H ; Choo, SP ; Cutcutache, I ; Khuntikeo, N ; Ong, CK ; Pairojkul, C ; Popescu, I ; Ahn, KS ; Aymerich, M ; Lopez-Guillermo, A ; Lopez-Otin, C ; Puente, XS ; Campo, E ; Amary, F ; Baumhoer, D ; Behjati, S ; Bjerkehagen, B ; Futreal, PA ; Myklebost, O ; Pillay, N ; Tarpey, P ; Tirabosco, R ; Zaikova, O ; Flanagan, AM ; Boultwood, J ; Bowen, DT ; Cazzola, M ; Green, AR ; Hellstrom-Lindberg, E ; Malcovati, L ; Nangalia, J ; Papaemmanuil, E ; Vyas, P ; Ang, Y ; Barr, H ; Beardsmore, D ; Eldridge, M ; Gossage, J ; Grehan, N ; Hanna, GB ; Hayes, SJ ; Hupp, TR ; Khoo, D ; Lagergren, J ; Lovat, LB ; MacRae, S ; O'Donovan, M ; O'Neill, JR ; Parsons, SL ; Preston, SR ; Puig, S ; Roques, T ; Sanders, G ; Sothi, S ; Tavare, S ; Tucker, O ; Turkington, R ; Underwood, TJ ; Welch, I ; Fitzgerald, RC ; Berney, DM ; De Bono, JS ; Cahill, D ; Camacho, N ; Dennis, NM ; Dudderidge, T ; Edwards, SE ; Fisher, C ; Foster, CS ; Ghori, M ; Gill, P ; Gnanapragasam, VJ ; Gundem, G ; Hamdy, FC ; Hawkins, S ; Hazell, S ; Howat, W ; Isaacs, WB ; Karaszi, K ; Kay, JD ; Khoo, V ; Kote-Jarai, Z ; Kremeyer, B ; Kumar, P ; Lambert, A ; Leongamornlert, DA ; Livni, N ; Lu, Y-J ; Luxton, HJ ; Marsden, L ; Massie, CE ; Matthews, L ; Mayer, E ; McDermott, U ; Merson, S ; Neal, DE ; Ng, A ; Nicol, D ; Ogden, C ; Rowe, EW ; Shah, NC ; Thomas, S ; Thompson, A ; Verrill, C ; Visakorpi, T ; Warren, AY ; Whitaker, HC ; Zhang, H ; van As, N ; Eeles, RA ; Abeshouse, A ; Agrawal, N ; Akbani, R ; Al Ahmadie, H ; Albert, M ; Aldape, K ; Ally, A ; Appelbaum, EL ; Armenia, J ; Asa, S ; Auman, JT ; Balasundaram, M ; Balu, S ; Barnholtz-Sloan, J ; Bathe, OF ; Baylin, SB ; Benz, C ; Berchuck, A ; Berrios, M ; Bigner, D ; Birrer, M ; Bodenheimer, T ; Boice, L ; Bootwalla, MS ; Bosenberg, M ; Bowlby, R ; Boyd, J ; Broaddus, RR ; Brock, M ; Brooks, D ; Bullman, S ; Caesar-Johnson, SJ ; Carey, TE ; Carlsen, R ; Cerfolio, R ; Chandan, VS ; Chen, H-W ; Cherniack, AD ; Chien, J ; Cho, J ; Chuah, E ; Cibulskis, C ; Cope, L ; Cordes, MG ; Curley, E ; Czerniak, B ; Danilova, L ; Davis, IJ ; Defreitas, T ; Demchok, JA ; Dhalla, N ; Dhir, R ; Doddapaneni, H ; El-Naggar, A ; Felau, I ; Ferguson, ML ; Finocchiaro, G ; Fong, KM ; Frazer, S ; Friedman, W ; Fronick, CC ; Fulton, LA ; Gabriel, SB ; Gao, J ; Gehlenborg, N ; Gershenwald, JE ; Ghossein, R ; Giama, NH ; Gibbs, RA ; Gomez, C ; Govindan, R ; Hayes, DN ; Hegde, AM ; Heiman, D ; Heins, Z ; Hepperla, AJ ; Holbrook, A ; Holt, RA ; Hoyle, AP ; Hruban, RH ; Hu, J ; Huang, M ; Huntsman, D ; Huse, J ; Donahue, CAI ; Ittmann, M ; Jayaseelan, JC ; Jefferys, SR ; Jones, CD ; Jones, SJM ; Juhl, H ; Kang, KJ ; Karlan, B ; Kasaian, K ; Kebebew, E ; Kim, HK ; Korchina, V ; Kundra, R ; Lai, PH ; Lander, E ; Le, X ; Lee, D ; Levine, DA ; Lewis, L ; Ley, T ; Li, HI ; Lin, P ; Linehan, WM ; Liu, FF ; Lu, Y ; Lype, L ; Ma, Y ; Maglinte, DT ; Mardis, ER ; Marks, J ; Marra, MA ; Matthew, TJ ; Mayo, M ; McCune, K ; Meier, SR ; Meng, S ; Mieczkowski, PA ; Mikkelsen, T ; Miller, CA ; Mills, GB ; Moore, RA ; Morrison, C ; Mose, LE ; Moser, CD ; Mungall, AJ ; Mungall, K ; Mutch, D ; Muzny, DM ; Myers, J ; Newton, Y ; Noble, MS ; O'Donnell, P ; O'Neill, BP ; Ochoa, A ; Park, J-W ; Parker, JS ; Pass, H ; Pastore, A ; Pennell, NA ; Perou, CM ; Petrelli, N ; Potapova, O ; Rader, JS ; Ramalingam, S ; Rathmell, WK ; Reuter, V ; Reynolds, SM ; Ringel, M ; Roach, J ; Roberts, LR ; Robertson, AG ; Sadeghi, S ; Saller, C ; Sanchez-Vega, F ; Schadendorf, D ; Schein, JE ; Schmidt, HK ; Schultz, N ; Seethala, R ; Senbabaoglu, Y ; Shelton, T ; Shi, Y ; Shih, J ; Shmulevich, I ; Shriver, C ; Signoretti, S ; Simons, J ; Singer, S ; Sipahimalani, P ; Skelly, TJ ; McCune, KS ; Socci, ND ; Soloway, MG ; Sood, AK ; Tam, A ; Tan, D ; Tarnuzzer, R ; Thiessen, N ; Thompson, RH ; Thorne, LB ; Tsao, M ; Umbricht, C ; Van Den Berg, DJ ; Van Meir, EG ; Veluvolu, U ; Voet, D ; Wang, L ; Weinberger, P ; Weisenberger, DJ ; Wigle, D ; Wilkerson, MD ; Wilson, RK ; Winterhoff, B ; Wiznerowicz, M ; Wong, T ; Wong, W ; Xi, L ; Yau, C ; Zhang, H ; Zhang, H ; Zhang, J (NATURE PUBLISHING GROUP, 2020-02-06)
    Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale1-3. Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4-5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter4; identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation5,6; analyses timings and patterns of tumour evolution7; describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity8,9; and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes8,10-18.
  • Item
    No Preview Available
    Pericytes Promote Malignant Ovarian Cancer Progression in Mice and Predict Poor Prognosis in Serous Ovarian Cancer Patients
    Sinha, D ; Chong, L ; George, J ; Schlueter, H ; Moenchgesang, S ; Mills, S ; Li, J ; Parish, C ; Bowtell, D ; Kaur, P (AMER ASSOC CANCER RESEARCH, 2016-04-01)
    PURPOSE: The aim of this study was to investigate the role of pericytes in regulating malignant ovarian cancer progression. EXPERIMENTAL DESIGN: The pericyte mRNA signature was used to interrogate ovarian cancer patient datasets to determine its prognostic value for recurrence and mortality. Xenograft models of ovarian cancer were used to determine if co-injection with pericytes affected tumor growth rate and metastasis, whereas co-culture models were utilized to investigate the direct effect of pericytes on ovarian cancer cells. Pericyte markers were used to stain patient tissue samples to ascertain their use in prognosis. RESULTS: Interrogation of two serous ovarian cancer patient datasets [the Australian Ovarian Cancer Study, n= 215; and the NCI TCGA (The Cancer Genome Atlas), n= 408] showed that a high pericyte score is highly predictive for poor patient prognosis. Co-injection of ovarian cancer (OVCAR-5 & -8) cells with pericytes in a xenograft model resulted in accelerated ovarian tumor growth, and aggressive metastases, without altering tumor vasculature. Pericyte co-culture in vitro promoted ovarian cancer cell proliferation and invasion. High αSMA protein levels in patient tissue microarrays were correlated with more aggressive disease and earlier recurrence. CONCLUSIONS: High pericyte score provides the best means to date of identifying patients with ovarian cancer at high risk of rapid relapse and mortality (mean progression-free survival time < 9 months). The stroma contains rare yet extremely potent locally resident mesenchymal stem cells-a subset of "cancer-associated fibroblasts" that promote aggressive tumor growth and metastatic dissemination, underlying the prognostic capacity of a high pericyte score to strongly predict earlier relapse and mortality.
  • Item
    Thumbnail Image
    Precision Medicine: Dawn of Supercomputing in ‘omics Research
    Reumann, M ; Holt, KE ; Inouye, M ; Stinear, T ; Goudey, B ; Abraham, G ; WANG, Q ; Shi, F ; Kowalczyk, A ; Pearce, A ; Isaac, A ; Pope, BJ ; Butzkueven, H ; Wagner, J ; Moore, S ; Downton, M ; Church, PC ; Turner, SJ ; Field, J ; Southey, M ; Bowtell, D ; Schmidt, D ; Makalic, E ; Zobel, J ; Hopper, J ; Petrovski, S ; O'Brien, T (eResearch Australasia, 2011)