School of Agriculture, Food and Ecosystem Sciences - Research Publications

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    Forecasting species range dynamics with process-explicit models: matching methods to applications
    Briscoe, NJ ; Elith, J ; Salguero-Gomez, R ; Lahoz-Monfort, JJ ; Camac, JS ; Giljohann, KM ; Holden, MH ; Hradsky, BA ; Kearney, MR ; McMahon, SM ; Phillips, BL ; Regan, TJ ; Rhodes, JR ; Vesk, PA ; Wintle, BA ; Yen, JDL ; Guillera-Arroita, G ; Early, R (WILEY, 2019-11)
    Knowing where species occur is fundamental to many ecological and environmental applications. Species distribution models (SDMs) are typically based on correlations between species occurrence data and environmental predictors, with ecological processes captured only implicitly. However, there is a growing interest in approaches that explicitly model processes such as physiology, dispersal, demography and biotic interactions. These models are believed to offer more robust predictions, particularly when extrapolating to novel conditions. Many process-explicit approaches are now available, but it is not clear how we can best draw on this expanded modelling toolbox to address ecological problems and inform management decisions. Here, we review a range of process-explicit models to determine their strengths and limitations, as well as their current use. Focusing on four common applications of SDMs - regulatory planning, extinction risk, climate refugia and invasive species - we then explore which models best meet management needs. We identify barriers to more widespread and effective use of process-explicit models and outline how these might be overcome. As well as technical and data challenges, there is a pressing need for more thorough evaluation of model predictions to guide investment in method development and ensure the promise of these new approaches is fully realised.
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    Disentangling chronic regeneration failure in endangered woodland ecosystems
    Bennett, A ; Duncan, D ; Rumpff, L ; Vesk, P (Ecological Society of America, 2019-04-14)
    Ecological restoration of degraded ecosystems requires the facilitation of natural regeneration by plants, often augmented by large-scale active revegetation. The success of such projects is highly variable. Risk factors may be readily identifiable in a general sense, but it is rarely clear how they play out individually, or in combination. We addressed this problem with a field experiment on the survival of, and browsing damage to, 1275 hand-planted buloke (Allocasuarina luehmannii) seedlings in a nationally endangered, semi-arid woodland community. Buloke seedlings were planted in 17 sites representing four landscape contexts and with three levels of protection from kangaroo and lagomorph browsing. We censused seedlings and measured herbivore activity four times during the first 400 days post-planting, and fitted models of mortality and browse hazard to these data using survival analysis. Increasing lagomorph activity was associated with higher mortality risk, while kangaroo activity was not. Seedling survival was lowest for each treatment within extant buloke woodland, and the highest survival rates for guarded seedlings were in locations favoured by lagomorphs. Damage from browsing was nearly ubiquitous after one year for surviving unguarded seedlings, despite moderate browser activity. On average, unguarded seedlings showed a decline in height, whereas fully guarded seedlings grew 2.3 cm across the survey period. This study demonstrates buloke seedlings should be protected from browsers, even with browsers maintained at moderate to low density, and the location that maximizes survival, and possibly growth rates, is adjacent to dunes. Further work will test this heuristic in an analysis of cost-effective revegetation strategies for this endangered community.
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    Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search
    Brown, P ; Tan, A-C ; El-Esawi, MA ; Liehr, T ; Blanck, O ; Gladue, DP ; Almeida, GMF ; Cernava, T ; Sorzano, CO ; Yeung, AWK ; Engel, MS ; Chandrasekaran, AR ; Muth, T ; Staege, MS ; Daulatabad, SV ; Widera, D ; Zhang, J ; Meule, A ; Honjo, K ; Pourret, O ; Yin, C-C ; Zhang, Z ; Cascella, M ; Flegel, WA ; Goodyear, CS ; van Raaij, MJ ; Bukowy-Bieryllo, Z ; Campana, LG ; Kurniawan, NA ; Lalaouna, D ; Huttner, FJ ; Ammerman, BA ; Ehret, F ; Cobine, PA ; Tan, E-C ; Han, H ; Xia, W ; McCrum, C ; Dings, RPM ; Marinello, F ; Nilsson, H ; Nixon, B ; Voskarides, K ; Yang, L ; Costa, VD ; Bengtsson-Palme, J ; Bradshaw, W ; Grimm, DG ; Kumar, N ; Martis, E ; Prieto, D ; Sabnis, SC ; Amer, SEDR ; Liew, AWC ; Perco, P ; Rahimi, F ; Riva, G ; Zhang, C ; Devkota, HP ; Ogami, K ; Basharat, Z ; Fierz, W ; Siebers, R ; Tan, K-H ; Boehme, KA ; Brenneisen, P ; Brown, JAL ; Dalrymple, BP ; Harvey, DJ ; Ng, G ; Werten, S ; Bleackley, M ; Dai, Z ; Dhariwal, R ; Gelfer, Y ; Hartmann, MD ; Miotla, P ; Tamaian, R ; Govender, P ; Gurney-Champion, OJ ; Kauppila, JH ; Zhang, X ; Echeverria, N ; Subhash, S ; Sallmon, H ; Tofani, M ; Bae, T ; Bosch, O ; Cuiv, PO ; Danchin, A ; Diouf, B ; Eerola, T ; Evangelou, E ; Filipp, FV ; Klump, H ; Kurgan, L ; Smith, SS ; Terrier, O ; Tuttle, N ; Ascher, DB ; Janga, SC ; Schulte, LN ; Becker, D ; Browngardt, C ; Bush, SJ ; Gaullier, G ; Ide, K ; Meseko, C ; Werner, GDA ; Zaucha, J ; Al-Farha, AA ; Greenwald, NF ; Popoola, SI ; Rahman, MS ; Xu, J ; Yang, SY ; Hiroi, N ; Alper, OM ; Baker, CI ; Bitzer, M ; Chacko, G ; Debrabant, B ; Dixon, R ; Forano, E ; Gilliham, M ; Kelly, S ; Klempnauer, K-H ; Lidbury, BA ; Lin, MZ ; Lynch, I ; Ma, W ; Maibach, EW ; Mather, DE ; Nandakumar, KS ; Ohgami, RS ; Parchi, P ; Tressoldi, P ; Xue, Y ; Armitage, C ; Barraud, P ; Chatzitheochari, S ; Coelho, LP ; Diao, J ; Doxey, AC ; Gobet, A ; Hu, P ; Kaiser, S ; Mitchell, KM ; Salama, MF ; Shabalin, IG ; Song, H ; Stevanovic, D ; Yadollahpour, A ; Zeng, E ; Zinke, K ; Alimba, CG ; Beyene, TJ ; Cao, Z ; Chan, SS ; Gatchell, M ; Kleppe, A ; Piotrowski, M ; Torga, G ; Woldesemayat, AA ; Cosacak, MI ; Haston, S ; Ross, SA ; Williams, R ; Wong, A ; Abramowitz, MK ; Effiong, A ; Lee, S ; Abid, MB ; Agarabi, C ; Alaux, C ; Albrecht, DR ; Atkins, GJ ; Beck, CR ; Bonvin, AMJJ ; Bourke, E ; Brand, T ; Braun, RJ ; Bull, JA ; Cardoso, P ; Carter, D ; Delahay, RM ; Ducommun, B ; Duijf, PHG ; Epp, T ; Eskelinen, E-L ; Fallah, M ; Farber, DB ; Fernandez-Triana, J ; Feyerabend, F ; Florio, T ; Friebe, M ; Furuta, S ; Gabrielsen, M ; Gruber, J ; Grybos, M ; Han, Q ; Heinrich, M ; Helantera, H ; Huber, M ; Jeltsch, A ; Jiang, F ; Josse, C ; Jurman, G ; Kamiya, H ; de Keersmaecker, K ; Kristiansson, E ; de Leeuw, F-E ; Li, J ; Liang, S ; Lopez-Escamez, JA ; Lopez-Ruiz, FJ ; Marchbank, KJ ; Marschalek, R ; Martin, CS ; Miele, AE ; Montagutelli, X ; Morcillo, E ; Nicoletti, R ; Niehof, M ; O'Toole, R ; Ohtomo, T ; Oster, H ; Palma, J-A ; Paterson, R ; Peifer, M ; Portilla, M ; Portillo, MC ; Pritchard, AL ; Pusch, S ; Raghava, GPS ; Roberts, NJ ; Ross, K ; Schuele, B ; Sergeant, K ; Shen, J ; Stella, A ; Sukocheva, O ; Uversky, VN ; Vanneste, S ; Villet, MH ; Viveiros, M ; Vorholt, JA ; Weinstock, C ; Yamato, M ; Zabetakis, I ; Zhao, X ; Ziegler, A ; Aizat, WM ; Atlas, L ; Bridges, KM ; Chakraborty, S ; Deschodt, M ; Domingues, HS ; Esfahlani, SS ; Falk, S ; Guisado, JL ; Kane, NC ; Kueberuwa, G ; Lau, CL ; Liang, D ; Liu, E ; Luu, AM ; Ma, C ; Ma, L ; Moyer, R ; Norris, AD ; Panthee, S ; Parsons, JR ; Peng, Y ; Pinto, IM ; Reschke, CR ; Sillanpaa, E ; Stewart, CJ ; Uhle, F ; Yang, H ; Zhou, K ; Zhu, S ; Ashry, M ; Bergsland, N ; Berthold, M ; Chen, C-E ; Colella, V ; Cuypers, M ; Eskew, EA ; Fan, X ; Gajda, M ; Gonzalezlez-Prendes, R ; Goodin, A ; Graham, EB ; Groen, EJN ; Gutierrez-Sacristan, A ; Habes, M ; Heffler, E ; Higginbottom, DB ; Janzen, T ; Jayaraman, J ; Jibb, LA ; Jongen, S ; Kinyanjui, T ; Koleva-Kolarova, RG ; Li, Z ; Liu, Y-P ; Lund, BA ; Lussier, AA ; Ma, L ; Mier, P ; Moore, MD ; Nagler, K ; Orme, MW ; Pearson, JA ; Prajapati, AS ; Saito, Y ; Troder, SE ; Uchendu, F ; Verloh, N ; Voutchkova, DD ; Abu-Zaid, A ; Bakkach, J ; Baumert, P ; Dono, M ; Hanson, J ; Herbelet, S ; Hobbs, E ; Kulkarni, A ; Kumar, N ; Liu, S ; Loft, ND ; Reddan, T ; Senghore, T ; Vindin, H ; Xu, H ; Bannon, R ; Chen, B ; Cheung, JTK ; Cooper, J ; Esnakul, AK ; Feghali, KA ; Ghelardi, E ; Gnasso, A ; Horbar, J ; Lai, HM ; Li, J ; Ma, L ; Ma, R ; Pan, Z ; Peres, MA ; Pranata, R ; Seow, E ; Sydes, M ; Testoni, I ; Westermair, AL ; Yang, Y ; Afnan, M ; Albiol, J ; Albuquerque, LG ; Amiya, E ; Amorim, RM ; An, Q ; Andersen, SU ; Aplin, JD ; Argyropoulos, C ; Asmann, YW ; Assaeed, AM ; Atanasov, AG ; Atchison, DA ; Avery, SV ; Avillach, P ; Baade, PD ; Backman, L ; Badie, C ; Baldi, A ; Ball, E ; Bardot, O ; Barnett, AG ; Basner, M ; Batra, J ; Bazanova, OM ; Beale, A ; Beddoe, T ; Bell, ML ; Berezikov, E ; Berners-Price, S ; Bernhardt, P ; Berry, E ; Bessa, TB ; Billington, C ; Birch, J ; Blakely, RD ; Blaskovich, MAT ; Blum, R ; Boelaert, M ; Bogdanos, D ; Bosch, C ; Bourgoin, T ; Bouvard, D ; Boykin, LM ; Bradley, G ; Braun, D ; Brownlie, J ; Bruhl, A ; Burt, A ; Butler, LM ; Byrareddy, SN ; Byrne, HJ ; Cabantous, S ; Calatayud, S ; Candal, E ; Carlson, K ; Casillas, S ; Castelvetro, V ; Caswell, PT ; Cavalli, G ; Cerovsky, V ; Chagoyen, M ; Chen, C-S ; Chen, DF ; Chen, H ; Chen, H ; Chen, J-T ; Chen, Y ; Cheng, C ; Cheng, J ; Chinapaw, M ; Chinopoulos, C ; Cho, WCS ; Chong, L ; Chowdhury, D ; Chwalibog, A ; Ciresi, A ; Cockcroft, S ; Conesa, A ; Cook, PA ; Cooper, DN ; Coqueret, O ; Corea, EM ; Costa, E ; Coupland, C ; Crawford, SY ; Cruz, AD ; Cui, H ; Cui, Q ; Culver, DC ; D'Angiulli, A ; Dahms, TES ; Daigle, F ; Dalgleish, R ; Danielsen, HE ; Darras, S ; Davidson, SM ; Day, DA ; Degirmenci, V ; Demaison, L ; Devriendt, K ; Ding, J ; Dogan, Y ; Dong, XC ; Donner, CF ; Dressick, W ; Drevon, CA ; Duan, H ; Ducho, C ; Dumaz, N ; Dwarakanath, BS ; Ebell, MH ; Eisenhardt, S ; Elkum, N ; Engel, N ; Erickson, TB ; Fairhead, M ; Faville, MJ ; Fejzo, MS ; Festa, F ; Feteira, A ; Flood-Page, P ; Forsayeth, J ; Fox, SA ; Franks, SJ ; Frentiu, FD ; Frilander, MJ ; Fu, X ; Fujita, S ; Galea, I ; Galluzzi, L ; Gani, F ; Ganpule, AP ; Garcia-Alix, A ; Gedye, K ; Giordano, M ; Giunta, C ; Gleeson, PA ; Goarant, C ; Gong, H ; Gora, D ; Gough, MJ ; Goyal, R ; Graham, KE ; Grande-Perez, A ; Graves, PM ; Greidanus, H ; Grice, D ; Grunau, C ; Gumulya, Y ; Guo, Y ; Gurevich, VV ; Gusev, O ; Hacker, E ; Hage, SR ; Hagen, G ; Hahn, S ; Haller, DM ; Hammerschmidt, S ; Han, J ; Han, R ; Handfield, M ; Hapuarachchi, HC ; Harder, T ; Hardingham, JE ; Heck, M ; Heers, M ; Hew, KF ; Higuchi, Y ; St Hilaire, C ; Hilton, R ; Hodzic, E ; Hone, A ; Hongoh, Y ; Hu, G ; Huber, HP ; Hueso, LE ; Huirne, J ; Hurt, L ; Idborg, H ; Ikeo, K ; Ingley, E ; Jakeman, PM ; Jensen, A ; Jia, H ; Jia, H ; Jia, S ; Jiang, J ; Jiang, X ; Jin, Y ; Jo, D ; Johnson, AM ; Johnston, M ; Jonscher, KR ; Jorens, PG ; Jorgensen, JOL ; Joubert, JW ; Jung, S-H ; Junior, AM ; Kahan, T ; Kamboj, SK ; Kang, Y-K ; Karamanos, Y ; Karp, NA ; Kelly, R ; Kenna, R ; Kennedy, J ; Kersten, B ; Khalaf, RA ; Khalid, JM ; Khatlani, T ; Khider, T ; Kijanka, GS ; King, SRB ; Kluz, T ; Knox, P ; Kobayashi, T ; Koch, K-W ; Kohonen-Corish, MRJ ; Kong, X ; Konkle-Parker, D ; Korpela, KM ; Kostrikis, LG ; Kraiczy, P ; Kratz, H ; Krause, G ; Krebsbach, PH ; Kristensen, SR ; Kumari, P ; Kunimatsu, A ; Kurdak, H ; Kwon, YD ; Lachat, C ; Lagisz, M ; Laky, B ; Lammerding, J ; Lange, M ; Larrosa, M ; Laslett, AL ; LeClair, EE ; Lee, K-W ; Lee, M-Y ; Lee, M-S ; Li, G ; Li, J ; Lieb, K ; Lim, YY ; Lindsey, ML ; Line, P-D ; Liu, D ; Liu, F ; Liu, H ; Liu, H ; Lloyd, VK ; Lo, T-W ; Locci, E ; Loidl, J ; Lorenzen, J ; Lorkowski, S ; Lovell, NH ; Lu, H ; Lu, W ; Lu, Z ; Luengo, GS ; Lundh, L-G ; Lysy, PA ; Mabb, A ; Mack, HG ; Mackey, DA ; Mahdavi, SR ; Maher, P ; Maher, T ; Maity, SN ; Malgrange, B ; Mamoulakis, C ; Mangoni, AA ; Manke, T ; Manstead, ASR ; Mantalaris, A ; Marsal, J ; Marschall, H-U ; Martin, FL ; Martinez-Raga, J ; Martinez-Salas, E ; Mathieu, D ; Matsui, Y ; Maza, E ; McCutcheon, JE ; Mckay, GJ ; McMillan, B ; McMillan, N ; Meads, C ; Medina, L ; Merrick, BA ; Metzger, DW ; Meunier, FA ; Michaelis, M ; Micheau, O ; Mihara, H ; Mintz, EM ; Mizukami, T ; Moalic, Y ; Mohapatra, DP ; Monteiro, A ; Montes, M ; Moran, JV ; Morozov, SY ; Mort, M ; Murai, N ; Murphy, DJ ; Murphy, SK ; Murray, SA ; Naganawa, S ; Nammi, S ; Nasios, G ; Natoli, RM ; Nguyen, F ; Nicol, C ; van Nieuwerburgh, F ; Nilsen, EB ; Nobile, CJ ; O'Mahony, M ; Ohlsson, S ; Olatunbosun, O ; Olofsson, P ; Ortiz, A ; Ostrikov, K ; Otto, S ; Outeiro, TF ; Ouyang, S ; Paganoni, S ; Page, A ; Palm, C ; Paradies, Y ; Parsons, MH ; Parsons, N ; Pascal, P ; Paul, E ; Peckham, M ; Pedemonte, N ; Pellizzon, MA ; Petrelli, M ; Pichugin, A ; Pinto, CJC ; Plevris, JN ; Pollesello, P ; Polz, M ; Ponti, G ; Porcelli, P ; Prince, M ; Quinn, GP ; Quinn, TJ ; Ramula, S ; Rappsilber, J ; Rehfeldt, F ; Reiling, JH ; Remacle, C ; Rezaei, M ; Riddick, EW ; Ritter, U ; Roach, NW ; Roberts, DD ; Robles, G ; Rodrigues, T ; Rodriguez, C ; Roislien, J ; Roobol, MJ ; Rowe, JA ; Ruepp, A ; van Ruitenbeek, J ; Rust, P ; Saad, S ; Sack, GH ; Santos, M ; Saudemont, A ; Sava, G ; Schrading, S ; Schramm, A ; Schreiber, M ; Schuler, S ; Schymkowitz, J ; Sczyrba, A ; Seib, KL ; Shi, H-P ; Shimada, T ; Shin, J-S ; Shortt, C ; Silveyra, P ; Skinner, D ; Small, I ; Smeets, PAM ; So, P-W ; Solano, F ; Sonenshine, DE ; Song, J ; Southall, T ; Speakman, JR ; Srinivasan, MV ; Stabile, LP ; Stasiak, A ; Steadman, KJ ; Stein, N ; Stephens, AW ; Stewart, DI ; Stine, K ; Storlazzi, C ; Stoynova, NV ; Strzalka, W ; Suarez, OM ; Sultana, T ; Sumant, AV ; Summers, MJ ; Sun, G ; Tacon, P ; Tanaka, K ; Tang, H ; Tanino, Y ; Targett-Adams, P ; Tayebi, M ; Tayyem, R ; Tebbe, CC ; Telfer, EE ; Tempel, W ; Teodorczyk-Injeyan, JA ; Thijs, G ; Thorne, S ; Thrift, AG ; Tiffon, C ; Tinnefeld, P ; Tjahjono, DH ; Tolle, F ; Toth, E ; del Tredici, AL ; Tsapas, A ; Tsirigotis, K ; Turak, A ; Tzotzos, G ; Udo, EE ; Utsumi, T ; Vaidyanathan, S ; Vaillant, M ; Valsesia, A ; Vandenbroucke, RE ; Veiga, FH ; Vendrell, M ; Vesk, PA ; Vickers, P ; Victor, VM ; Villemur, R ; Vohl, M-C ; Voolstra, CR ; Vuillemin, A ; Wakelin, S ; Waldron, L ; Walsh, LJ ; Wang, AY ; Wang, F ; Wang, Y ; Watanabe, Y ; Weigert, A ; Wen, J-C ; Wham, C ; White, EP ; Wiener, J ; Wilharm, G ; Wilkinson, S ; Willmann, R ; Wilson, C ; Wirth, B ; Wojan, TR ; Wolff, M ; Wong, BM ; Wu, T-W ; Wuerbel, H ; Xiao, X ; Xu, D ; Xu, JW ; Xu, J ; Xue, B ; Yalcin, S ; Yan, H ; Yang, E-C ; Yang, S ; Yang, W ; Ye, Y ; Ye, Z-Q ; Yli-Kauhaluoma, J ; Yoneyama, H ; Yu, Y ; Yuan, G-C ; Yuh, C-H ; Zaccolo, M ; Zeng, C ; Zevnik, B ; Zhang, C ; Zhang, L ; Zhang, L ; Zhang, Y ; Zhang, Y ; Zhang, Z ; Zhang, Z-Y ; Zhao, Y ; Zhou, M ; Zuberbier, T ; Aanei, CM ; Ahmad, R ; Al-Lawama, M ; Alanio, A ; Allardyce, J ; Alonso-Caneiro, D ; Atack, JM ; Baier, D ; Bansal, A ; Benezeth, Y ; Berbesque, C ; Berrevoet, F ; Biedermann, PHW ; Bijleveld, E ; Bittner, F ; Blombach, F ; Van den Bos, W ; Boudreau, SA ; Bramoweth, AD ; Braubach, O ; Cai, Y ; Campbell, M ; Cao, Z ; Catry, T ; Chen, X ; Cheng, S ; Chung, H-J ; Chavez-Fumagalli, MA ; Conway, A ; Costa, BM ; Cyr, N ; Dean, LT ; Denzel, MS ; Dlamini, SV ; Dudley, KJ ; Dufies, M ; Ecke, T ; Eckweiler, D ; Eixarch, E ; El-Adawy, H ; Emmrich, JV ; Eustace, AJ ; Falter-Wagner, CM ; Fuss, J ; Gao, J ; Gill, MR ; Gloyn, L ; Goggs, R ; Govinden, U ; Greene, G ; Greiff, V ; Grundle, DS ; Gruneberg, P ; Gumede, N ; Haore, G ; Harrison, P ; Hoenner, X ; Hojsgaard, D ; Hori, H ; Ikonomopoulou, MP ; Jeurissen, P ; Johnson, DM ; Kabra, D ; Kamagata, K ; Karmakar, C ; Kasian, O ; Kaye, LK ; Khan, MM ; Kim, Y-M ; Kish, JK ; Kobold, S ; Kohanbash, G ; Kohls, G ; Kugler, J-M ; Kumar, G ; Lacy-Colson, J ; Latif, A ; Lauschke, VM ; Li, B ; Lim, CJ ; Liu, F ; Liu, X ; Lu, J-J ; Lu, Q ; Mahavadi, P ; Marzocchi, U ; McGarrigle, CA ; van Meerten, T ; Min, R ; Moal, I ; Molari, M ; Molleman, L ; Mondal, SR ; Van de Mortel, T ; Moss, WN ; Moultos, OA ; Mukherjee, M ; Nakayama, K ; Narayan, E ; Navaratnarajah ; Neumann, P-A ; Nie, J ; Nie, Y ; Niemeyer, F ; Fiona ; Nwaiwu, O ; Oldenmenger, WH ; Olumayede, E ; Ou, J ; Pallebage-Gamarallage, M ; Pearce, SP ; Pelkonen, T ; Pelleri, MC ; Pereira, JL ; Pheko, M ; Pinto, KA ; Piovesan, A ; Pluess, M ; Podolsky, IM ; Prescott, J ; Qi, D ; Qi, X ; Raikou, VD ; Ranft, A ; Rhodes, J ; Rotge, J-Y ; Rowe, AD ; Saggar, M ; Schuon, RA ; Shahid, S ; Shalchyan, V ; Shirvalkar, P ; Shiryayev, O ; Singh, J ; Smout, MJ ; Soares, A ; Song, C ; Srivastava, K ; Srivastava, RK ; Sun, J ; Szabo, A ; Szymanski, W ; Tai, CNP ; Takeuchi, H ; Tanadini-Lang, S ; Tang, F ; Tao, W ; Theron, G ; Tian, CF ; Tian, Y-S ; Tuttle, LM ; Valenti, A ; Verlot, P ; Walker, M ; Wang, J ; Welter, D ; Winslade, M ; Wu, D ; Wu, Y-R ; Xiao, H ; Xu, B ; Xu, J ; Xu, Z ; Yang, D ; Yang, M ; Yankilevich, P ; You, Y ; Yu, C ; Zhan, J ; Zhang, G ; Zhang, K ; Zhang, T ; Zhang, Y ; Zhao, G ; Zhao, J ; Zhou, X ; Zhu, Z ; Ajani, PA ; Anazodo, UC ; Bagloee, SA ; Bail, K ; Bar, I ; Bathelt, J ; Benkeser, D ; Bernier, ML ; Blanchard, AM ; Boakye, DW ; Bonatsos, V ; Boon, MH ; Bouboulis, G ; Bromfield, E ; Brown, J ; Bul, KCM ; Burton, KJ ; Butkowski, EG ; Carroll, G ; Chao, F ; Charrier, EE ; Chen, X ; Chen, Y-C ; Chenguang ; Choi, JR ; Christoffersen, T ; Comel, JC ; Cosse, C ; Cui, Y ; van Dessel, P ; Dhaval ; Diodato, D ; Duffey, M ; Dutt, A ; Egea, LG ; El-Said, M ; Faye, M ; Fernandez-Fernandez, B ; Foley, KG ; Founou, LL ; Fu, F ; Gadelkareem, RA ; Galimov, E ; Garip, G ; Gemmill, A ; Gouil, Q ; Grey, J ; Gridneva, Z ; Grothe, MJ ; Grebert, T ; Guerrero, F ; Guignard, L ; Haenssgen, MJ ; Hasler, D ; Holgate, JY ; Huang, A ; Hulse-Kemp, AM ; Jean-Quartier, C ; Jeon, S-M ; Jia, Y ; Jutzeler, C ; Kalatzis, P ; Karim, M ; Karsay, K ; Keitel, A ; Kempe, A ; Keown, JR ; Khoo, CM ; Khwaja, N ; Kievit, RA ; Kosanic, A ; Koutoukidis, DA ; Kramer, P ; Kumar, D ; Kirag, N ; Lanza, G ; Le, TD ; Leem, JW ; Leightley, D ; Leite, A ; Lercher, L ; Li, Y ; Lim, R ; Lima, LRA ; Lin, L ; Ling, T ; Liu, Y ; Liu, Z ; Lu, Y ; Lum, FM ; Luo, H ; Machhi, J ; Macleod, A ; Macwan, I ; Madala, HR ; Madani, N ; de Maio, N ; Makowiecki, K ; Mallinson, DJ ; Margelyte, R ; Maria, C ; Markonis, Y ; Marsili, L ; Mavoa, S ; McWilliams, L ; Megersa, M ; Mendes, CSM ; Menichetti, J ; Mercieca-Bebber, R ; Miller, JJ ; Minde, D-PM ; Minges, A ; Mishra, E ; Mishra, VR ; Moores, C ; Morrice, N ; Moskalensky, AE ; Navarin, N ; Negera, E ; Nolet, P ; Nordberg, A ; Norden, R ; Nowicki, JP ; Olova, N ; Olszewski, P ; Onzima, R ; Pan, C-L ; Park, C ; Park, DI ; Park, S ; Patil, CD ; Pedro, SA ; Perry, SR ; Peter, J ; Peterson, BM ; Pezzuolo, A ; Pozdnyakov, I ; Qian, S ; Qin, L ; Rafe, A ; Raote, I ; Raza, A ; Rebl, H ; Refai, O ; Regan, T ; Richa, T ; Richardson, MF ; Robinson, KR ; Rossoni, L ; Rouet, R ; Safaei, S ; Schneeberger, PHH ; Schwotzer, D ; Sebastian, A ; Selinski, J ; Seltmann, S ; Sha, F ; Shalev, N ; Shang, J-L ; Singer, J ; Singh, M ; Smith, T ; Solomon-Moore, E ; Song, L ; Soraggi, S ; Stanley, R ; Steckhan, N ; Strobl, F ; Subissi, L ; Supriyanto, I ; Surve, CR ; Suzuki, T ; Syme, C ; Sorelius, K ; Tang, Y ; Tantawy, M ; Tennakoon, S ; Teseo, S ; Toelzer, C ; Tomov, N ; Tovar, M ; Tran, L ; Tripathi, S ; Tuladhar, AM ; Ukubuiwe, AC ; Ung, COL ; Valgepea, K ; Vatanparast, H ; Vidal, A ; Wang, F ; Wang, Q ; Watari, R ; Webster, R ; Webster, R ; Wei, J ; Wibowo, D ; Wingenbach, TSH ; Xavier, RM ; Xiao, S ; Xiong, P ; Xu, S ; Xu, S ; Yao, R ; Yao, W ; Yin, Q ; Yu, Y ; Zaitsu, M ; Zeineb, Z ; Zhan, X-Y ; Zhang, J ; Zhang, R ; Zhang, W ; Zhang, X ; Zheng, S ; Zhou, B ; Zhou, X ; Ahmad, H ; Akinwumi, SA ; Albery, GF ; Alhowimel, A ; Ali, J ; Alshehri, M ; Alsuhaibani, M ; Anikin, A ; Azubuike, SO ; Bach-Mortensen, A ; Baltiansky, L ; Bartas, M ; Belachew, KY ; Bhardwaj, V ; Binder, K ; Bland, NS ; Boah, M ; Bullen, B ; Calabro, GE ; Callahan, TJ ; Cao, B ; Chalmers, K ; Chang, W ; Che, Z ; Chen, ATY ; Chen, H ; Chen, H ; Chen, Y ; Chen, Z ; Choi, Y ; Chowdhury, MAK ; Christensen, MR ; Cooke, RSC ; Cottini, M ; Covington, NV ; Cunningham, C ; Delarocque, J ; Devos, L ; Dhar, AR ; Ding, K-F ; Dong, K ; Dong, Z ; Dreyer, N ; Ekstrand, C ; Fardet, T ; Feleke, BE ; Feurer, T ; Freitas, A ; Gao, T ; Asefa, NG ; Giganti, F ; Grabowski, P ; Guerra-Mora, JR ; Guo, C ; Guo, X ; Gupta, H ; He, S ; Heijne, M ; Heinemann, S ; Hogrebe, A ; Huang, Z ; Iskander-Rizk, S ; Iyer, LM ; Jahan, Y ; James, AS ; Joel, E ; Joffroy, B ; Jegousse, C ; Kambondo, G ; Karnati, P ; Kaya, C ; Ke, A ; Kelly, D ; Kickert, R ; Kidibule, PE ; Kieselmann, JP ; Kim, HJ ; Kitazawa, T ; Lamberts, A ; Li, Y ; Liang, H ; Linn, SN ; Litfin, T ; Liusuo, W ; Lygirou, V ; Mahato, AK ; Mai, Z-M ; Major, RW ; Mali, S ; Mallis, P ; Mao, W ; Mao, W ; Marvin-Dowle, K ; Marvin-Dowle, K ; Mason, LD ; Merideth, B ; Merino-Plaza, MJ ; Merlaen, B ; Messina, R ; Mishra, AK ; Muhammad, J ; Musinguzi, C ; Nanou, A ; Naqash, A ; Nguyen, JT ; Nguyen, TTH ; Ni, D ; Nida ; Notcovich, S ; Ohst, B ; Ollivier, QR ; Osses, DF ; Peng, X ; Plantinga, A ; Pulia, M ; Rafiq, M ; Raman, A ; Raucher-Chene, D ; Rawski, R ; Ray, A ; Razak, LA ; Rudolf, K ; Rusch, P ; Sadoine, ML ; Schmidt, A ; Schurr, R ; Searles, S ; Sharma, S ; Sheehan, B ; Shi, C ; Shohayeb, B ; Sommerlad, A ; Strehlow, J ; Sun, X ; Sundar, R ; Taherzadeh, G ; Tahir, NDM ; Tang, J ; Testa, J ; Tian, Z ; Tingting, Q ; Verheijen, GP ; Vickstrom, C ; Wang, T ; Wang, X ; Wang, Z ; Wei, P ; Wilson, A ; Wyart ; Yassine, A-A ; Yousefzadeh, A ; Zare, A ; Zeng, Z ; Zhang, C ; Zhang, H ; Zhang, L ; Zhang, T ; Zhang, W ; Zhang, Z ; Zhou, J ; Zhu, D ; Adamo, V ; Adeyemo, AA ; Aggelidou, M ; Al-Owaifeer, AM ; Al-Riyami, AZ ; Alzghari, SK ; Andersen, V ; Angus, K ; Asaduzzaman, M ; Asady, H ; Ato, D ; Bai, X ; Baines, RL ; Ballantyne, M ; Ban, B ; Beck, J ; Ben-Nafa, W ; Black, E ; Blancher, A ; Blankstein, R ; Bodagh, N ; Borges, PAV ; Brooks, A ; Brox-Ponce, J ; Brunetti, A ; Canham, CD ; Carninci, P ; Carvajal, R ; Chang, SC ; Chao, J ; Chatterjee, P ; Chen, H ; Chen, Y-C ; Chhatriwalla, AK ; Chikowe, I ; Chuang, T-J ; Collevatti, RG ; Valera-Cornejo, DA ; Cuenda, A ; Dao, M ; Dauga, D ; Deng, Z ; Devkota, K ; Doan, LV ; Elewa, YHA ; Fan, D ; Faruk, M ; Feifei, S ; Ferguson, TS ; Fleres, F ; Foster, EJ ; Foster, CS ; Furer, T ; Gao, Y ; Garcia-Rivera, EJ ; Gazdar, A ; George, RB ; Ghosh, S ; Gianchecchi, E ; Gleason, JM ; Hackshaw, A ; Hall, A ; Hall, R ; Harper, P ; Hogg, WE ; Huang, G ; Hunter, KE ; IJzerman, AP ; Jesus, C ; Jian, G ; Lewis, JS ; Kanj, SS ; Kaur, H ; Kelly, S ; Kheir, F ; Kichatova, VS ; Kiyani, M ; Klein, R ; Kovesi, T ; Kraschnewski, JL ; Kumar, AP ; Labutin, D ; Lazo-Langner, A ; Leclercq, G ; Li, M ; Li, Q ; Li, T ; Li, Y ; Liao, W-T ; Liao, Z-Y ; Lin, J ; Lizer, J ; Lobreglio, G ; Lowies, C ; Lu, C ; Majeed, H ; Martin, A ; Martinez-Sobrido, L ; Meresh, E ; Middelveen, M ; Mohebbi, A ; Mota, J ; Mozaheb, Z ; Muyaya, L ; Nandhakumar, A ; Ng, SHX ; Obeidat, M ; Oh, D-H ; Owais, M ; Pace-Asciak, P ; Panwar, A ; Park, C ; Patterson, C ; Penagos-Tabaree, F ; Pianosi, PT ; Pinzi, V ; Pridans, C ; Psaroulaki, A ; Pujala, RK ; Pulido-Arjona, L ; Qi, P-F ; Rahman, P ; Rai, NK ; Rassaf, T ; Refardt, J ; Ricciardi, W ; Riess, O ; Rovas, A ; Sacks, FM ; Saleh, S ; Sampson, C ; Schmutz, A ; Sepanski, R ; Sharma, N ; Singh, M ; Spearman, P ; Subramaniapillai, M ; Swali, R ; Tan, CM ; Tellechea, JI ; Thomas, L-M ; Tong, X ; Veys, R ; Vitriol, V ; Wang, H-D ; Wang, J ; Wang, J ; Waugh, J ; Webb, SA ; Williams, BA ; Workman, AD ; Xiang, T ; Xie, L-X ; Xu, J ; Xu, T ; Yang, C ; Yoon, JG ; Yuan, CM ; Zaritsky, A ; Zhang, Y ; Zhao, H ; Zuckerman, H ; Lyu, R ; Pullan, W ; Zhou, Y (OXFORD UNIV PRESS, 2019-10-29)
    Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical research.